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A Comissão de Ética do IF Baiano, criada através da Portaria nº 74/2012, tem o objetivo de orientar e aconselhar sobre a ética profissional do servidor no trato com as pessoas e com o patrimônio público, já o Comitê de Ética, ainda em fase de implantação, deverá avaliar projetos de pesquisas que envolvam seres humanos e animais.